1981年6月,苍南从平阳析出置县。建县之初,中共苍南县委、苍南县人民政府以“百年大计,教育为本”为重,将筹建苍南一中摆上议事日程,遵循县城总体规划,划拨灵溪人民公园南麓、横阳支江北岸的幽静之地40.6亩用于创建苍南一中,规划建筑15827.44平方米,以设置30个教学班。
1983年4月,第一幢教学大楼(西教学楼)奠基并开始动工兴建,历时一年,至1984年4月竣工,建筑面积1735平方米。
1984年1月,鲍向东出任苍南一中副校长,负责学校基建及招生诸事务。时师资匮乏,除从全县各校选调教师之外,苍南县教委还于暑假期间专门派员赴杭州等地招聘教师,聘请杭州二中退休教师丁荣观等5位教师来校任教;同年9月,学校正式上课,首届招收初中一年级新生2个班120人、高中一年级新生4个班202人;同年10月5日,举行建校暨开学典礼。此后,将是日定为校庆日。
1985年,被列为浙江省第二批重点中学。是年起,停招初中学生,改办为高级中学。
1989年,举行建校五周年庆祝大会,聘请美籍华人杨忠道教授担任名誉校长;组织全体教职工参加暑期政治学习,批判资产阶级自由化思潮,并调离少数教师。
1997年2月,将苍南县教师进修学校校园划入该校,并于校园南面向外拓宽面积4.5亩。是年,首次向全国公开招聘特、高级教师7人。
1998年5月,通过浙江省一级重点中学评估验收;同年7月,被授予浙江省一级重点中学称号;同年12月,学校迁建征地获浙江省人民政府批准,征地6.687公顷,址在灵溪镇仁英东路(站前大道东面)。
2000年4月,举行新校址奠基开工仪式。
2002年1月,苍南一中改名为苍南中学;同年5月,苍南县仁英高级中学获准创办,苍南中学走上“名校办民校”的发展之路;同年8月,喜迁新校。是年,确立“自强不息”校训。
2004年10月,举行苍南中学建校20周年庆祝大会,成功举办校友论坛。
2006年12月,学校扩建工程(仁英校区)举行奠基仪式,破土动工。
2008年9月,举行思齐桥通车暨仁英高中揭牌仪式,仁英高中顺利实现搬迁。
2012年6月,仁英高级中学整体撤并入苍南中学。
2015年8月,学校被确认为浙江省一级普通高中特色示范学校。